10월 1일 비공식 전체회의를 시작으로 농업협상 의장 주재 다자협상이 본격화되어 소그룹회의가 집중적으로 이루어졌다. SSM은 각료회의 결렬 이후 9월 중순에 진행된 G7 회의에서 집중적으로 논의되었으나 타협안 도출에 실패하였다. 캐나다, 미국 및 G20 국가들 중심으로 2005년 합의한 종가상당치 전환방식에 대한 문제가 제기되었다. TRQ 신설을 주장하는 일본, 미국, EU, 스위스 등의 국가들과 기본적으로 반대하는 중국과 인도 등의 입장이 첨예하게 대립하였다.
AMS 지급 실적을 살펴보면, 미국은 2005년 12,938백만 달러, EU는 2004년 30,880백만 유로, 일본은 2006년 571십만 엔을 각각 지급하였다. 우리나라는 AMS를 한도대비 평균 92%를 지급하였고, 품목불특정 최소허용보조는 생산액 대비 1.25%를 활용하였다. 향후 쟁점별 소그룹회의 중심의 논의가 예상되나 주요국간 입장차이 및 정치일정 등을 고려할 때 협상의 급진전은 쉽지 않을 것으로 전망된다. 2004년도에 쌀, 보리, 옥수수, 유채, 콩에 대한 품목특정적인 보조가 최소허용보조수준을 초과하여 Current AMS 계산에 포함되었다. 허용보조로는 2004년도에 총 4조 8,910억 원을 통보하였다.